Juuli lõpus ja septembri algul tehti Kerrile kaks seljaoperatsiooni. Esimene lõikus oli plaanipärane selgroolülide vahelise diski korrigeerimine, teine lõikus plaaniväline ja tingitud paranemisel tekkinud tagasilöökidest. Sama kohta tuli opereerida uuesti.

Kerr küll alustas oktoobri esimesel nädalal tööd, aga tervis halvenes kahe treeningpäevaga silmnähtavalt ja ta otsustas aja maha võtta. "Sain aru, et pean astuma tagasi ja keskenduma vaid ühele asjale - taastumisele. Tahan jõuda võimalikult kiirelt normaalse elurütmi juurde nii treeneritöös kui väljaspool seda. NBA hooaega ei soovi ma vahele jätta," andis Kerr vihje, et peagi on ta jälle meeskonna juures abiks.

Kohe debüüthooajal peatreenerina NBA meistriks tulnud Kerr tegi seljale liiga kevadise finaalseeria ajal.