Šveitsi koondislase tähelend sai alguse Baselis, kus ta vedas oma kasvatajaklubi kahel aastal järjest Meistrite liiga alagrupiturniirilt edasi. Aastatel 2012-2015 kuulus Shaqiri Müncheni Bayerni ridadesse, kuid vähese mänguaja tõttu müüdi ta selle aasta jaanuaris Interisse.

Vaid pool aastat Interis mänginud Shaqirist saab Stoke'i ajaloo kalleim mängija, sest tema eest käidi välja väidetavalt12 miljonit naelsterlingut.