30-aastase sakslase jaoks algas hooaeg võrdlemisi keeruliselt ning ta langes algkoosseisust välja. Rahvusvahelises meedias kirjutati sügisel, et Müller soovib juba jaanuaris klubist lahkuda, peamiseks kosilaseks peeti Manchester Unitedit. Ründaja jäi talvel siiski Bayerni juurde ning on viimaste kuudega suutnud enda rolli klubis taastada.

"Mõlemad osapooled sõlmisid lepingu hea enesetundega," rääkis Müller klubi pressiteate vahendusel. "Minu jaoks oli peamine prioriteet Bayerniga lepingut pikendada ja klubi soovis seda saama. Olen kaks kolmandikku oma elust Bayernis veetnud ning me töötame koos. See klubi pole minu jaoks lihtsalt tööandja, vaid see on mu kirg."

Kogu senise profikarjääri Müncheni Bayernis veetnud Müller on aastate peale saanud esindusklubi eest kirja 521 kohtumist ja 195 väravat. Bayerni ridades on ta tulnud kaheksakordseks Saksamaa meistriks ja viiekordseks karikavõitjaks. 2013. aastal aitas Müller leivaisa Meistrite Liiga tiitlini.