Stardist pääses esikolmik minema samas järjekorras, kui näitasid kvalifikatsioonil saavutatud kohad. Esimene oli Alonso, teine Trulli ja kolmas Giancarlo Fisichella.

38. ringil langes Austraalia GP-lt esikoha nappinud Fisichella aga poodiumikohavõitlusest välja, kuna põrkas oma ülejuhitaval Renault’l kokku Mark Webberiga.

Ferrarid olid jällegi aeglased. Rubens Barrichello katkestas, kuna vasakul esirehvil puudus täielikult pidamine. Michael Schumacher suutis raskustele vaatamata sõidu siiski lõpetada, olles punktikohal. Seitsmenda koha saanud valitsev maailmameister kaotas Alonsole minuti 19,9 sekundiga.

Malaisia GP tulemused:

1. Fernando Alonso Renault-Renault 56 ringi
2. Jarno Trulli Toyota-Toyota +00:24.300
3. Nick Heidfeld Williams-BMW +00:32.100
4. Juan Pablo Montoya McLaren-Mercedes +00:41.600
5. Ralf Schumacher Toyota-Toyota +00:51.800
6. David Coulthard Red Bull-Cosworth +01:12.500
7. Michael Schumacher Ferrari-Ferrari +01:19.9
8. Christian Klien Red Bull-Cosworth +01:20.8
9. Kimi Räikkönen McLaren-Mercedes +01:21.5
10. Felipe Massa Sauber-Petronas +1 lap
11. Narain Karthikeyan Jordan-Toyota +2 laps
12. Tiago Monteiro Jordan-Toyota +3 laps
13. Christijan Albers Minardi-Cosworth +4 laps
14. Rubens Barrichello Ferrari-Ferrari 49 ringi
15. Giancarlo Fisichella Renault-Renault 36 ringi
16. Mark Webber Williams-BMW 36 ringi
17. Jacques Villeneuve Sauber-Petronas 26 ringi
18. Jenson Button BAR-Honda 2 ringi
19. Anthony Davidson BAR-Honda 2 ringi
20. Patrick Friesacher Minardi-Cosworth 2 ringi