Traditsiooniliselt toimuvad Meistriliiga voorud peamiselt laupäeviti ja teisipäeviti, täiendavad variandid mängude pidamiseks on juba sel hooajal kasutusel olnud esmaspäev ja uuest aastast lisanduv reede. Kahel erandjuhul on kasutusel ka kolmapäev ja neljapäev.

"Soovime leida huviliste jaoks optimaalse aja staadionile tulemiseks, pakkudes selleks erinevaid nädalapäevi, samal ajal jätame alles traditsioonilised mängupäevad, mil peetakse suurem osas kohtumisi," lausus Eesti Jalgpalli Liidu president Aivar Pohlak. "Iga Meistriliiga mäng on omaette väärtus ja kohtumiste hajutamine erinevate päevade vahel võiks aidata tähelepanu fokuseerida. Mängukalendri koostamine on väga keeruline ja kindlatel põhimõtetel toimiv protsess, kus tuleb arvestada nii publikut, klubisid, rahvusvahelist jalgpallielu kui ka mängupaikade võimalusi."

Esiliigas toimus uue hooaja eel kaks muudatust. HÜJK Emmaste teatas, et loobub Esiliiga kohast ja osaleb aastal 2013 Esiliiga B tasemel, mis tähendab, et vabanenud koha saab sportlike tulemuste alusel endale Pärnu Linnameeskond. Teine muudatus puudutab Kiviõli võistkonna nime: seni Tamme Auto all esinenud meeskond kannab nüüdsest klubi nime, milleks on Kiviõli FC Irbis.

Esiliiga B tasandist otsustasid loobuda Tartu SK 10 II, Paide Linnameeskond II (varem Paide Kumake) ja Pärnu Linnameeskond II, sportlike tulemuste alusel said koha Tallinna JK Dünamo ja Tallinna FC Flora III (II liiga Ida/Põhi 7. koht Kohtla-Järve JK Alko ühines FC Lootusega).