Neuer tegi oma debüüdi Saksamaa koondise eest 2019. aastal, kui astus väljakule mängus Araabia Ühendemiraatide vastu. 15-aastase koondisekarjääri jooksul sai ta kirja 124 mängu. Viimasel seitsmel aastal ja 61-mängus oli Neueri käel ka kaptenipael.
Tema säravaimaks saavutuseks rahvusmeeskonna särgis on kahtlemata 2014. aastal võidetud maailmameistritiitel, kus valiti Neuer ühtlasi ka turniiri parimaks väravavahiks.
Instagram’i postituses kirjutas ta: „Kõik, kes mind tunnevad teavad, et see otsus ei olnud mulle lihtne. Tunnen end füüsiliselt väga hästi ja loomulikult oleks mind ka 2026. aastal USAs, Kanadas ja Mehhikos toimuvad maailmameistrivõistlused huvitanud. Sellegipoolest olen pärast paljusid intensiivseid ja pikki vestlusi oma pere ja sõpradega jõudnud järeldusele, et just nüüd on õige aeg lõpetada minu peatükk koondises. Kui ma täna tagasi vaatan, tunnen uhkust ja tänulikkust!“
Lisaks Neuerile on sakslastest sel suvel koondisekarjääri lõpetamisest teatanud Toni Kroos, Thomas Müller ja Ilkay Gündogan.