Sisuliselt on selged ka vahegruppide koosseisud. Vaid Palanga kaotuse korral võivad ette tulla mõningad erandlikud muudatused, sest vastavalt reglemendile vahegrupis kolme klubi ühest riigist olla ei saa. Palanga kaotuse korral tekiks grupp, kus Rakvere Tarva kõrval oleks kolm Leedu klubi - Palanga, Utena Juventus ning Pasvalys Pieno zvaigzdes.

TOP 16 alagrupid:

E-alagrupp
Ventspils
Panevezyse Lietkabelis
Riia Barons kvartals
KK Pärnu

F-alagrupp
Šiauliai
Tartu Ülikool/Rock
Vilniuse Sakalai
Valmiera

G-alagrupp
Palanga/Atõrau Barsy
Jelgava
Prienai Rudupis
BC Kalev/Cramo

H-alagrupp
Palanga/Atõrau Barsy
Utena Juventus
Rakvere Tarvas
Pasvalys Pieno zvaigzdes

Mängitakse süsteemis kodus-võõrsil, iga alagrupi kaks paremat pääsevad veerandfinaali.