Vastamisi lähevad FC Trans Narva ja JK Tulevik Viljandi, FC Levadia Tallinn ja FC Levadia Maardu, FC Flora Tallinn ja FC Valga ning FC Lootus Kohtla-Järve ja FC TVMK Tallinn.

Samas loositi ka 2003. a. madalamate liigade karikavõistluste 1/16- ja 1/8-finaalide paarid. Kuna antud turniiriks registreerus 21 meeskonda, siis 11 meeskonda pääsesid otse 1/8-finaali. 10 meeskonda selgitavad omavahel 1/16-finaalides ülejäänud viis edasipääsejat.

Eesti madalamate liigade karikavõistluste 1/8-finaali paarid:
FC Lelle — FC Concordia Tallinn/Lelle SK võitja
SK Tapa — Flexa Aseri
FC Toompea — FC Warrior Valga
Pärnu Pataljoni JK — JK Järvakandi Tribling
Välk 494 — JK Eston Villa/FS Junior Maardu võitja
F.C.A. Estel-86 Tallinn — F.C.A. Estel-85 Tallinn/JK Tondi Tallinn võitja
FC Olympic Tallinn — Kehra Tempori
FC Haiba/Nõmme Kalju II võitja — JK Piraaja Tallinn/Nõmme Kalju võitja