2004. a. hooajaks said õiguse mängida meistriliigas FC Flora Tallinn, FC TVMK Tallinn, FC Levadia Tallinn, JK Trans Narva, JK Tulevik Viljandi, JK Merkuur Tartu, FC Valga ja FC Lootus Alutaguse.

Esiliiga litsentsi said: FC Kuressaare, JK Tervis Pärnu, Tallinna Jalgpalliklubi, JK Tammeka Tartu, F.C.A. Estel Tallinn ja JK Dünamo Tallinn. Vastavalt eelmisel aastal vastuvõetud meistri- ja karikavõistluste juhendi muudatusele litsentseeriti esiliiga võistkonnad FC TVMK II ja FC Levadia II Tallinn koos esindusvõistkonnaga.

“Kuna Eesti Jalgpalli Liit litsentseeris klubisid juba neljandat korda, siis on edasiminek kvaliteedi osas olnud silmnähtav ning klubid olid valmistunud litsentseerimiseks tõsiselt,” ütles litsentsikomisjoni esimees Indrek Kannik. “Kahjuks on suurimaks takistuseks Eesti jalgpalli arengule muutunud kaasaegsete staadionide vähesus ning kui muude tingimuste osas on klubid võimelised iseseisvalt arenema, siis enamusele Eesti klubidest käib uute staadionide rajamine üle jõu.”

Kuna klubid peavad olema litsentseeritud enne uue hooaja algust, siis on litsentseerimise ajakava väga tihe. Meistriliiga klubid pidid esitama auditeeritud finantsaruanded 10. veebruariks ning mitmed litsentsitaotlejad ei suutnud õigeaegselt dokumente vormistada. Finantsdokumentide esitamisega hilinemise eest määrati ühe miinimumpalga suurune rahatrahv FC Florale, JK-le Viljandi Tulevik, FC Valgale, JK-le Merkuur Tartu ja JK-le Dünamo ning kolme miinimumpalga suurune rahatrahv JK-le Lootus Alutaguse, kes hilines kõikide dokumentide esitamisega.

JK-le Ajax Estel, JK-le Narva Trans ja JK-le Lootus Alutaguse väljastatud litsents oli tingimuslik, kuna nendel klubidel puudub nõutava kvalifikatsiooniga peatreener. Vastavalt litsentseerimise korrale peab meistriliiga võistkonna peatreeneril olema vähemalt EJL poolt välja antud Treener I tunnistus (võrdväärne UEFA A-litsentsiga) ning esiliiga võistkonna peatreeneril vähemalt EJL Treener III tunnistus. Komisjon karistas nimetatud klubisid ühe miinimumpalga suuruse rahatrahviga ning 2004. aasta 1. augustiks peavad klubid esitama lepingu peatreeneriga, kes vastab litsentseerimise tingimustele. Karistada sai ka FC Levadia Tallinn, kellel oli nõutavast väiksem arv noortevõistkondi. Meistriliiga litsentsi saamiseks peab klubil olema viis ning esiliiga litsentsi saamiseks kolm noortevõistkonda; seega oleks pidanud FC Levadia Tallinnal olema kahe võistkonna kohta vähemalt 8 noortevõistkonda, kuid Eesti noorte meistrivõistlusteks on klubi registreerinud vaid kuue võistkonna jagu noormängijaid.

Litsentsikomisjoni erilise tähelepanu alla jääb FC Lootus Alutaguse, sest nimetatud klubil olid kõige suuremad probleemid tingimuste täitmisega. Klubi peab kogu hooaja vältel esitama komisjonile tõendeid oma suutlikkuse kohta mängida meistriliigas ning tasuma sellega seotud kulud. Loomulikult kontrollib Eesti Jalgpalli Liit ka kõigi teiste litsentsisaajate jätkuvat vastavust litsentseerimise tingimustele.

Vastavalt meistri- ja karikavõistluste juhendile peavad kõik meistri- ja esiliiga klubid olema 2004. a. meistrivõistlustel osalemiseks Eesti Jalgpalli Liidu klubide litsentsikomisjoni poolt litsentseeritud. 2004/05 hooajal ei ole litsentsita jäänud klubidel enam õigust osaleda Euroopa klubivõistlustel.

Litsents antakse klubile üheks aastaks ning selle saamiseks peavad klubid täitma 46 tingimust, mis on jaotatud 5 rühma: sportlikud, infrastruktuuri-, personali- ja administratiiv-, juriidilised ning finantskriteeriumid. Klubil peab olema käivitatud edukas noortetöö, staadionid ja treeningvõimalused peavad vastama kaasaegsetele nõuetele, peab olema tagatud publiku ning mängijate turvalisus, klubil peab olema palgaline personal, meeskonna juures kvalifitseeritud treenerid ja arstid jne. Väga oluline roll on klubide finantsalasel läbipaistvusel ning korrektsusel.

2004. a. jalgpallihooaeg algab 4. märtsil, kui toimub hooaja pidulik avamine. 6. märtsil toimuvas esimeses liigamängus on A. Le Coq Miniarenal vastamisi FC Flora ja JK Tulevik Viljandi.