Mutko valiti Venemaa jalgpalliliidu presidendiks 2015. aastal ning aasta hiljem pikendati tema ametiaega kuni 2020. aastani.

Tema ametikohused võtab ajutiselt üle Venemaa jalgpalli kõrgliiga juht Sergei Prjadkin. 22. veebruaril toimuval vutiliidu üldkogul selgub, mis alaliidu juhtimisest edaspidi saab.

Mutko töötas aastatel 2008-2016 Venemaa spordiministrina ning oli otseselt seotud Sotši taliolümpia ajal puhkenud dopinguskandaaliga, kui paljastati venelaste riiklik dopingusüsteem. Rahvusvaheline Olümpiakomitee määras seejärel Mutkole eluaegse olümpiamängude külastamise keelu.