77 aastaseks elanud Krause alustas Bullsi peamänedžerina 1985. aastal ning vastutas isiklikult Michael Jordani ümber meeskonna ehitamise eest. 1987. aastal tõi ta draft'ist tiimi Scottie Pippeni ja Horace Granti. Viimase soetamine tegi võimalikuks Charles Oakley vahetamise New York Kincksi tsentri Bill Cartwrighti vastu. Koos Jordaniga panid need mehed aluse Bullsi esimesele kolmele tiitlile.

Pärast Jordani lühikest eemal viibimist ja tagasitulekut soetas Krause mängujuhi Ron Harperi ja tõi vabaagendina lahkunud Granti asendama Dennis Rodmani. Tulemuseks veel kolm tiitlit, pärast mida meeskond lagunes ja Krause pöördus treener Phil Jacksoniga tülli. Pippen vahetati Houston Rocketsisse ja Jordan lõpetas teist korda karjääri 1999. aastal. Krause ise tegi Bullsiga lõpparve 2003. aastal.

Enne Bullsi minemist oli Krause NBA skaut ja töötas sama ameti peal ka Chicago White Soxi pesapallimeeskonnas, mille omanik Jerry Reinsdorfile kuulus ka Bulls.