Kui sel hooajal veavad Žalgirise mänguvankrit lisaks leedulastele ka mitmed välismängijad, siis nii oli ka 1999. aastal. Toona oli leegionäre Kaunases kolm. Tagaliin toetus ameeriklastele Tyus Edney'le ja Anthony Bowie'le. Korvi all tegi tegusid aga 213 cm pikkune tšehh Jiri Zidek. Seejuures tuli kogu kolmik Žalgirisesse otse NBA-st.

Leedulastest olid toona kandvateks jõududeks Saulius Štombergas, Dainius Adomaitis, Tomas Masiulis ning vennad Eurelijus ja Mindaugas Žukauskas.

Toonasel hooajal võitis Žalgiris esmalt A-alagrupi kaheksa võidu ja kahe kaotusega. Seejärel olid nad parimad E-vahegrupis 12 võidu ja nelja kaotusega.

Edasi ootas ees kaheksandikfinaal, kus mängudega 2:0 alistati Istanbuli Ülker.

Veerandfinaalis olid leedulased mängudega 2:0 üle Istanbuli Efes Pilsenist.

Finaalturniiril alistati esmalt poolfinaalis 87:71 seekordne veerandfinaali vastane Piraeuse Olympiacos.

Finaalis alistas Žalgiris 82 :74 Bologna Kinderi. Bologna liidriteks olid prantslane Antoine Rigaudeau (viskas finaalis 27 punkti), serblane Saša Danilovic ning sloveen Rašho Nesterovic.

Žalgirisele tõid võidukas finaalis Bowie 17, Edney 14, Zidek ja Štombergas 12 ning Mindaugas Žukauskas 11 silma.