34-aastaselt hotellitoast surnuna leitud Pantani lahkumise põhjuseks on kokaiini üledoos. Kuigi samale järeldusele jõuti ka esialgse uurimise tulemusena, palus Pantani pere 2014. aastal kohtuasi uuesti avada, et kontrollida võimalikku tapmist. Kassatsioonini välja jõudnud asi tunnistati aga nüüd kohtus lõplikult suletuks.

1998. aastal Tour de France'i võitnud Pantani sattus juba karjääri jooksul mitmetesse dopinguskandaalidesse, kuid mehe surma järel on välja tulnud, et ta oli näiteks hispaanlasest dopinguarsti Eufemiano Funtese patsient. Samuti tuli 2013. aastal välja, et 2004. aastal oli järeltestimisel tema 1998. aasta Tour de France'il antud dopinguproov positiivne.