EJL asutasid kolme klubi (Eesti Spordiselts Tallinna Kalev, Tallinna Jalgpalli Klubi ja Võimlemisselts Tallinna Sport) üheksa esindajat (Bernhard Abrams, Karl Akel, William Fiskar, Julius Reinans, Oskar Raudsep, Otto Silber, Heinrich Roost, Verner Eklöf ja Vladimir Tell). Alaliidu esimene esimees oli Gustav Laanekõrb.

EJL võeti FIFA liikmeks 1923. ja UEFA liikmeks 1992. aastal. Pärast Teist maailmasõda okupatsiooni tõttu katkenud EJLi tegevus taastati 3. detsembril 1988.

Tänapäeval on EJL Eesti suurim spordiorganisatsioon, mis korraldab 14 erineva rahvuskoondise tööd ja nende kodumänge, viib läbi Eesti täiskasvanute ja noorte meistrivõistlusi ning erinevaid karikavõistlusi, koolitab kohtunikke ja treenereid, litsentseerib klubisid ja mängijaid, töötab välja regulatsioone, arendab infrastruktuuri jne.

2018. aastal korraldab EJL Tallinnas A. Le Coq Arenal UEFA superkarikafinaali ning 2020. aastal erinevates Eesti paikades U17 noormeeste Euroopa meistrivõistluste finaalturniiri. 2012. aastal võõrustas EJL Tallinnas, Rakveres ja Haapsalus U19 noormeeste EM-finaalturniiri.

Riikliku spordiregistri andmetel on Eestis 198 erinevas klubis 19 888 jalgpalliharrastajat. Viie aastaga on jalgpallurite arv kasvanud rohkem kui 5000 võrra.